చాందీపుర వైరస్ వ్యాధి సాధారణ జ్వరంగా ప్రారంభమవుతుంది. ఆ తర్వాత తలనొప్పి, వాంతులు, విరేచనాలు, ఫ్లూ తరహా లక్షణాలు ఉంటాయి. కొందరిలో వైరస్ వేగంగా మెదడుపై దాడి చేసిన ఎన్సెఫలైటిస్ (మెదడు వాపు)కు దారి తీస్తుంది. తొలి లక్షణాలు కనిపించినప్పటి నుంచి తీవ్రమైన నాడీ సంబంధిత రుగ్మతలకు దారితీయడానికి చాలా తక్కువ సమయం ఉండటమే దీనిని ప్రమాదకరంగా మారుస్తోంది. ICMR-నేషనల్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ వైరాలజీ ప్రకారం, దీని మరణాల రేటు 55% నుంచి 77% వరకు ఉంటుంది. అయితే ఈ వైరస్ ఒకరి నుంచి మరొకరికి సోకదని, ఇది అంటువ్యాధి కాదని తెలిపారు.